皇太極在崇禎二年時候被打傷了元氣，今年高迎祥被打得傷筋動骨，暫時都沒有能力再鬧了,滿朝大臣又因為政變的事情被打殺一空，現在正是進行全面改革的最好時期,本來李云崖還想再緩幾年,一方面自己的能力不足，另一方面他在朱由檢的心里信任度還沒有達到足夠的高度。
    過去他是從士大夫手里面奪|權,這回是從朱由檢手里奪|權，萬一朱由檢認為他要謀朝篡位，兩人翻臉,就要大事不妙,李云崖在空間里裝了成堆的掌心|雷,還有好幾架火箭車跟野戰炮，每次進宮時候都小心翼翼，一旦朱由檢翻臉他就搶先動手,如果真到了那種地步他絕不會束手待斃！
    但是朱由檢沒有,不管他提出什么主張，朱由檢都照單全收,這讓李云崖心里很有些慚愧,他告訴朱由檢：“我們要構建一個堅固穩定的政治架構，過去之所以每一個朝代都逃脫不了三百年滅亡的魔咒，已經證明了老舊的那一套是行不通，我們要弄一個更加完善的，咱們一起為天地立心，為生民立命，為往圣繼絕學，為萬世開太平！”
    朱由檢問：“你們封緣星上的國家都是這樣的嗎？”
    李云崖很肯定地回答：“是！”
    李云崖最先動的是國防部，他劃分了三大戰區，調盧象升到遼東做東北戰區總司令，總管一切軍務，不管政務，權利比原來的督師要小。調孫傳庭到山西做西北戰區總司令，把洪承疇調回來做公安部部長，孫傳庭打仗的能力一流，但是跟江南文壇牽扯太多，雖然在溫體仁政變期間鎮壓了不少叛亂和治安問題，但是手不夠狠，李云崖把更加心狠手黑的洪承疇換上來。
    李云崖給三人都頒布了任務，讓孫傳庭以破軍營為基礎在山西練兵，要在三年之內練最少八萬精兵。他把貪狼騎給盧象升派去帶往遼東，以壓制那幫驕兵悍將，要他按照經營的標準，把遼東軍包括關寧鐵騎在內的一切軍隊，全部打散重新整編，衛所土地重新丈量，嚴打軍中吃空餉等*問題，有一個查一個，不管是誰，從嚴從重，一打到底！
    遼東軍雖然生猛，但也免不了有這個時代的種種陋習，甚至更加嚴重，吳襄、祖大壽等人自然更是其中的佼佼者，國家省吃儉用擠出來的軍餉大部分都進了他們的腰包，過去怕他們造反投敵，還要指望他們對付滿清，所以不曾動他們，這回盧象升有一萬精銳的貪狼騎在手，他們即便造反也不怕了，盧象升到任之后，在數日之內就捆了上千名軍官，全部重銬打入囚車，押往京城。
    兵車剛發半日，就接到朱由檢的圣旨，說這些人為國守門，于國有功，與當初京營情況不同，讓他酌情赦免，盧象升離京時候得了李云崖的叮囑，將這幫人降職留用，有的降一級，有的降三級，有的一擼到底，沒收家產，再給李云崖回書，并給朱由檢遞折子，李云崖從中甄別，跟朱由檢商量著將部分人調往西北到孫傳庭那里聽用，以徹底解決遼東軍派系的尾大不掉之勢。
    孫承宗前腳被召回京城，后腳遼東軍就被拆散整編，老頭知道這位國師大人手腕很高，以為鳥盡弓藏，自己這么一大把年紀也該退休回家，含飴弄孫了，不想李云崖很快登門拜訪，跟他請教了一大堆關于軍事方面的問題，最后更是請他接掌國防部長一職：“本來老先生年事已高，也該讓先生回家享受天倫之樂，只是如今國家危急，百廢待興，我只能厚著臉皮來求老先生，再為大明奮斗幾年，請先生萬勿推辭！”
    孫承宗摸不準他的真實意圖，雖然李云崖滿臉誠懇，情真意切，但在官場上廝混了一輩子的孫承宗仍然不敢隨便答應，不然的話說不定哪天腦袋也要搬家：“國師乃天人下凡，能使鬼神拉車，呼風喚雨，點石成金，老朽如今已經老眼昏花，這兩年一遇到陰天下雨，雙腿就酸疼難忍，已經是半截要入土的了，便是想為國鞠躬盡瘁也是不能了，還請國師千萬莫要怪罪……”
    李云崖見請不動，回頭找朱由檢：“孫大人是國寶，咱們千萬得請他出來，有他執掌國防部，咱們才能放心地去做別的事情。”
    于是第二天，兩人聯袂來找孫承宗，一聽說皇上來了，孫承宗趕忙出來把兩人迎接到屋里，李云崖跟朱由檢隔著一個矮幾坐在椅子上，朱由檢又說請孫承宗接掌國防部長的事情，李云崖在旁邊幫腔：“我可跟皇上說好了，你這次如果還不肯，我們就明天再來，當年劉玄德請諸葛亮三顧茅廬，老先生之于大明，堪比諸葛亮之于蜀漢，咱們也可以來個三顧、四顧，總要你出山方罷。”
    孫承宗感動得老淚縱橫，跪下來向朱由檢叩拜：“老朽如何能比得上諸葛孔明？承蒙皇上和國師不棄，老朽為國盡忠，鞠躬盡瘁，死而后已！”
    朱由檢和李云崖雙雙過來把他攙扶起來，終于說動孫承宗答應了，回去之后，兩人商議著，封孫承宗為高陽侯，太子太師，賜蟒袍玉帶，孫承宗已經快七十歲了，在這年頭已經極高壽了，國防部長做完也該回家養老了，他一生為大明朝做的貢獻也夠多，給這樣的封賞也說得過去，孫承宗知道以后，又親自進宮謝恩，老頭會來事，過年時候還派長孫來給李云崖送年禮。
    李云崖知道這個時候最忌諱猜忌，他要讓朱由檢相信他，自己做的一切都沒有半點私心，都是為了國家好，所以不管做什么都把朱由檢帶上，讓朱由檢對于建設國家有參與感，等將來國家好了他也有榮譽感。
    朱由檢將錦衣衛和東廠裁撤掉，讓孫承宗在國防部下面設國安局，專門負責皇帝和重要官員的安保工作，內閣的部長和副部長級別干部，出門都由國安局派人保護。
    朱由檢派人從武當派弄來一群高手，其中有個少年叫王征南，年紀雖小，但武藝頗精，人也機靈，朱由檢讓他在自己身邊做貼身護衛。
    兩人一起設計各部門的職責和權利，在這過程當中，朱由檢發現李云崖懂得的真多，連一戶農家每年花多少錢，一畝地產多少糧都知道，很多東西都讓他覺得大開眼界，原來政府跟百姓之間的關系是這樣的，下邊的人如何逃稅漏稅，蕃臺和臬臺之間是如何相互勾結，軍官又是如何抽取軍餉……原本他兩眼一抹黑，根本毫無頭緒的奏折，到了李云崖這里，隨便幾句話就能解決。
    他開始逐漸相信李云崖的話：一個生長在深宮里的人，是沒辦法治理好這樣一個龐大的國家的，自己把權利都握在手里，不但自己活的累，國家也會被自己搞糟，歷史上國家興盛的朝代，很多時候都是名相掌權，皇上垂拱而治的時候，遠有商鞅變法，近有張居正改革……
    其實最打動他的，是李云崖說的這樣一番話：“你就不想跟我出去走走？以后我要造鐵殼的超級大船，比皇極殿還要大上許多倍！出海去朝鮮，去日本，去琉球，去爪哇，去印度，去非洲。去看黑人，看白人，吃香蕉、吃椰子、吃菠蘿！難道你就愿意一輩子待在紫禁城里？不只是你，將來你的兒子，你的孫子，要么被圈禁在紫禁城里，要么被圈禁在封地，跟住監牢有什么不同？”
    聽李云崖說起海外風情，朱由檢十分心動：“只是歷來一國之君不能輕動……”
    二十來歲的年輕人，誰不愿意出去走走？當年正德皇帝就呆不住，偷著跑出紫禁城到長城外面去跟蒙古人打仗，后來寧王造反把他高興壞了，非要御駕親征不可，剛走到半路，寧王就被王守仁擒住，正德皇帝就讓王守仁趕緊把寧王放了，他要再打一次，臣子們都批判正德荒唐，實際上也正是從另一個方面反映出了作為皇帝的無奈。
    “所以你要放權，你不能什么權利都抓著，那樣你就會把自己圈禁在紫禁城里，把自己活活累死，國家也會每況愈下，你放下的越多，得到的也就越多。”
    朱由檢無法接受：“那我將帝位傳給別人，豈不是更好？”
    李云崖樂了：“你是怕臣子們造反嗎？你千防萬防，還不是有溫體仁造你的反？你權利越大，他們越會造你的反，你如果給內閣總理足夠多的權利，他們就都去爭相當總理了，誰還冒著被抄家滅族的危險要當皇上？況且，槍桿子里面出政權，國防部還在你手里，還有監察部，專門考核監督百官的，有這兩個部門在你手里，你還怕什么？”
    朱由檢沉思許久，最后點頭道：“我明白了，書上寫在董仲舒罷黜百家獨尊儒術之前，漢朝都是以黃老之道治國，要皇帝無為而治，你是道家人，可是這個意思？”
    “就是這個意思！”李云崖見朱由檢自己找到圣賢經典依據，意外地高興，“有時候無為比有為更好，你聽我的，五年之后，不出十年，我保證帶你出海，去看十來丈長的大魚！”
    “十來丈長？可是《莊子》上說的鯤？我們要去北海嗎？”
    “不只是北海，到時候我們哪里都可以去的！而且那東西在各個海域都有，還有好多好多的有趣的東西，你都看過一遍，才不枉了此生，否則只待在紫禁城里一輩子，國家還是千瘡百孔一團糟，那又有什么趣味！”
    李云崖沒事就給朱由檢講海外的事情，潛移默化地影響，朱由檢聽得十分著迷，有時候真的恨不能立刻就去看看李云崖說的那種比皇極殿還要高的鹿，還有傳說中的狻猊，肚子上有肉袋的大老鼠，新設立的部門，就在兩人的努力之下，逐漸成型。